大理国后期，建水的爨姓势力日渐没落，以至被阿僰部所取代。阿僰部占据建水的中部和北部，归秀山郡(郡治在通海)管辖。大理国国势越来越衰微，已处于四分五裂状态，边远的部族首领割据一方。建水、曲江一带号称“阿僰国”(有的史书写作“阿伯国”)，已脱离了秀山郡的管辖。   

　　南宋宝祐元年，也就是蒙古宪宗三年(1253)，蒙古可汗蒙哥派遣其弟忽必烈统率10万蒙古军，以几良合台总督军事，从甘肃经四川西部分兵三路进攻大理国，相继攻占大理和押赤城(今昆明)。《元史•兀良合台传》有记：“阿伯国有兵四万，不降。阿术攻之，入其城，举国请降。”

　　滇南要隘  设置宣慰：蒙古军队占领建水后，设建水千户，隶于阿僰万户。元至元十三年(1276)，改建水千户为建水州，隶临安路(路为行政机构，明代改为府)。接着，招降临安以南白衣、和泥分地城寨109所，即今建水以南红河南岸的元阳、绿春、金平一带傣族、哈尼族村寨。   

　　至元十七年(1280)，在建水设临安广西道宣抚使。至顺二年(1331)，升格为临安广西元江等处宣慰司兼管军万户府。宣慰司是元代在行中书省和路府之间，于较远地方增设的一级地方机构，处理军民政务，“行省有政令则布于下，郡县有请则为达于省”，是省和路府之间的承转机关。边睡之地，宣慰司兼调度军旅之事，故兼都元帅府，设官同宣慰司，秩从二品，设宣慰使、同知、副使等官，分别兼任都元帅、副都元帅、金都元帅。   

　　《元混一方舆胜览》记载：临安广西元江等处宣慰司，“建水州置司”。管理临安路(路治在通海，辖建水州、石屏州、宁州、嶍峨县、西沙县、通海县、河西县及蒙自县)、广西路(路治在今泸西县，辖弥勒州、师宗州、维摩州)、元江路(路治在元江，辖马笼他郎长官司、因远罗必甸长官司及普日部、思摩部等10部)、和泥路(辖七溪部、伴溪部、思陀部)的军政事务。以后还增辖车里路(今思茅地区和西双版纳州一带)等地。自此建水开始成为滇南一带的政治、军事、经济和文化中心，边郡首邑，边陲重镇，并历明清，以迄民国，长达7个世纪之久。   

　　至元十七年(1280)，和泥路大酋长必思煽动诸部族反叛，临安广西道宣抚使张立道始上任，即发兵征讨，“拔其城邑，鼓行而前”，直攻到金齿七十城门，并越麻甸，抵可蒲。至大四年(1311)，七十城门甸土官缅察侵扰建水州江外地区，朝廷下令招抚。

　　达时，是建水冠以“临安”称谓的开始，但从严格意义上讲，元代的临安路治在通海，明代改路为府，府治移至建水，建水才称为临安。然而追根溯源，这个称谓还是始于元代。众所周知，临安本是大名鼎鼎堂堂皇皇的南宋国都，为什么远在千里之外的云南也会冒出个临安来呢?   

　　查阅《元史•世祖本纪》可知，元至元十三年(1276)正月，蒙古大军占领南宋首都临安(今浙江杭州市)，南宋偏安的小朝廷宣告灭亡，就将临安的名称废掉，改临安府为杭州路，并立两浙宣慰司统辖杭州路。从此，除杭州西边还继续保留一个小县临安外，杭州就不再称作临安了。也巧，正是在这年的正月，云南行省平章政事赛典赤改定云南诸路名号上报元朝廷，于是就把设于通海的南路改为临安路了。这是不是赛典赤的原意，不得而知。从时间如此巧合推论，应是元朝廷着意安排的一项带有政治意味的决断，就是将其国都“贬滴”到千里之外的边远“蛮荒”之地，让其永世不得复国。无独有偶，南宋的最后一个皇帝赵显投降元朝后，也被“充军”到西藏，潜心研究佛学，竟成著名高僧。

　　站赤怠递  交通发达：在交通运输上，元代初期即广设“站赤”(释站)，建立弹传网络，把主要交通线上的城镇联络起来，便利公文传递和官员巡视。   

　　据元代《经世大典•站赤篇》记载：云南临安路共设马站6处，有马120匹，其中建州站(设于建水城)有马40匹，蒙自县八甸站有马30匹，宁海府站(设于通海)有马20匹，矣马同站(设于今开远)和娘甸站、落捉站各有马l0匹。可见，临安路的站赤是以备马最多的建水为中心，向四方辐射形成网络的，这明显是因伤安广西元江等处宣慰司设于建水之故。站赤如此设置，可以看出，代滇南的交通枢纽也已移至建水。往北经宁海府站、江川县站、晋宁州站达中庆府(今昆明市)；往东经矣马同站折而东北可达广西府城；再北即达秃落蛮州(今曲靖一带)；往西南可达元江路、和泥路、车里路；往东南经蒙自八甸站可通安南境。   

　　就在至元年间，著名的意大利旅行家马可•波罗受忽必烈的派遣，到西南地区视察。他由四川会理渡金沙江，到押赤城(今昆明)，西抵哈刺章州(今大理)、金齿州(今保山、德宏一带)，入缅甸，再东行至交趾(今越南北部)，然后向北进入云南的阿木州。 　　

　　阿木州是今天的什么地方?《马可•波罗行纪》英译本的注释者查理南认为，“阿木”的拼写有误，应该拼写为“阿僰”或“阿伯”，其地应在今建水、蒙自、通海一带，因为这一带为阿僰部据地，也就是临安路。今天的历史地理学者主张在今建水、开远一带。研究阿木州的位置，我们不能不考虑元代站赤的设置情况。马可•波罗能够在中国畅行无阻地游历，因为他是作为皇帝的使臣，必然能够得到站赤所提供的必不可少的交通条件，以及当地行政长官的帮助，这在他的游记里是说得十分明白的，并且还专门描述了站赤的具体设施，给予了高度赞扬。   

　　从他的游记和当时滇南设置的站赤看，从交趾进入云南后，首当其冲是到防安路，即经蒙自到建水，与临安广西道宣抚使接触，了解了这一地区的情况后，东出阿迷州，再北上秃落蛮州。   

　　元代建水、开远一带的情景，《马可•波罗行纪》里记述简单，但从中可以看到，这里的各族人民“以畜牧耕种为活，自有其语言。妇女腿臂带金银圈，价甚贵，男子亦然，其价较女子所戴者更贵。产马不少，多售之印度人而为一种极盛之贸易。其地有良土地，好牧场，故牛及水牛亦甚多。凡生活必需之物，悉皆丰饶……”

　　屯田垦殖  陶艺先进：元代建水的农业和手工业都有长足的发展。
　　在农业上，开始实行屯田，有民屯和军屯。

　　《元史•兵志•屯田》载：“临安宣慰司兼管军万户府军民屯，世祖至元十二年，立临安民屯二处，皆于所属州县掏刷漏籍人户开耕。宣慰司所管民屯三百户，田六百双；本路所管民屯二千户，田三千四百双。二十七年，续立爨僰军屯，为户二百八十八，为田一千一百五十二双。”可知当时设立民屯两处、军屯一处，共有屯户2588户，田5152双。古时云南田亩以“双”计，每双5亩，共折合25 760亩。另据《经世大典•屯田篇》载：“临安路屯，建水州立屯二千四百八十户，田五千一百双。”此数字与《元史》所载略有些微出入，但可看出临安路的屯田均设于建水州。民屯中有一些江南迁来的汉族，带来先进的生产技术，起了示范作用，推动了当地农业生产的发展。   

　　手工业方面，值得称道的是，元代建水的制陶工艺水平，在全国也占有举足轻重的地位。我国的陶瓷业历史悠久；工艺精湛，走在世界的前列。元代陶瓷业发展水平的最高标志是青花工艺(用氧化钻釉料在陶瓷器表面绘制图案)的诞生。1985年文物出版社出版的大型画册《中国陶瓷》中，刊印有一幅元代“青釉青花色藻纹玉壶春瓶”照片，配有这样的说明：“1973年云南省禄丰县元代火葬墓出土……构图简洁，彩色浓淡有致，有水墨写生画的特点，青花灰暗，不够明艳，系用当地钻土为原料绘制，此器为云南建水窑产品，是研究云南地区元末青花瓷的珍贵资料。”此前的1980年，中央工艺美术学院杨大申与建水县工艺美术陶厂联合对城北两公里碗窑村古窑址作了考察，对古陶器残片作了研究后认为建水“宋有青瓷，元有青花，明有粗陶，清有细陶”。在收集到的一些青花陶碗盘和玉壶春瓶残片上，书写有“元”字，证明为元代烧制的青花产品。玉壶春瓶残片与禄丰县元代古墓出土的玉壶春瓶，从花纹到形制，都极相似。   

　　《中国陶瓷》画册的附录中，有《中国古代重要瓷窑遗址一览表》，列举了云南省古窑址3座，其中的昆明灰土窑为明清时的；玉溪窑为元明时的；建水窑因出土元代青釉青花瓷，无疑被列为最早的元代古窑，现已被列为云南省重点文物保护单位。   

　　县城南20多公里的焕文山核桃园村附近，出产碗花石(钴土矿)，就是绘制青花陶瓷的颜料。民国《重印续修建水县志》记载，昔时建水的碗花石曾运销至江西景德镇。 

　　《中国工艺美术史》中亦有这样的记载，只是碗花石称为“石青”，由于石青绘制的瓷器烧出后颜色欠明艳，景德镇才改用由印尼进口的“回青”。但是建水的碗花石与景德镇瓷器的这段因缘，还是值得人们记取的。

　　古寺森森  遐龄七百：元代建水城内兴建了一批古建筑，有文庙、指林寺、东林寺、清真寺、天王寺、晏公庙、接待寺等，城郊还有青莲寺、香林寺。虽经700多年风雨的冲刷和剥蚀，不免残破衰败，但由于历代重视修复与保护，除接待寺、曼公庙面目全非外，其余均保存完好，而且从规模和建筑的精巧程度都远胜前朝，有的甚至在省内国内都属罕见。   

　　《元史•张立道传》记载：张立道继创建中庆路(今昆明市)庙学后，于至元二十二年(1285)任临安广西道宣抚使时，“复创庙学于建水路”。这是云南继中庆之后，与大理同年创建的最早的庙学。庙学，是文庙与学校相结合，既是祭祀古代伟大的思想家、政治家、教育家孔子的场所，又是进行文化教育的机构。元代以前，云南不知祭祀孔子，而祭祀王羲之。建水文庙的创立，首开了滇南文化教育和儒家思想传播的先河。后来建水发展为以汉文化为主体融合各少数民族文化的多元一体的历史文化，就是由此奠下基础的。   

　　这时，本地缺乏师资，需要由四川聘请教师来授课。
　　元朝统一中国的70年时间里，建水文庙共经过3次修建。继首次兴建后，又于泰定二年(1325)由金事杨祚增建，至正十年(1350)平章王维勤、教授邵嗣宗继修。明清时期还作过50多次增修扩建，致使其竞成全省文庙之冠，而且也是名扬全国的大型文庙。此事容后再叙。   

　　同样值得这座边城骄傲的，是位于文庙以西、建中路西段、被誉为“临安首寺”的古掸院指林寺。民间素有“先有指林寺，后有临安城”的说法，可见其源远流长。据碑刻记载，早在宋代大理国统治此地时期，这里是一片茂密的森林，常见一只鹿出没其间。一天，有人逐鹿至林中，鹿忽不知去向，只有一异人前来，指着森林对众人说：“鹿居此久矣，汝辈为何取它?”言毕，亦复不见。众皆惊诧，以为遇到神人仙鹿，便立小庙，绘塑神像以把。许愿求神者认为灵验，香火日盛。到了元代元贞年间(1295—12n)，郡人何昌明于此大兴土木，请来中原工匠，改建为一殿二塔，绘塑佛、菩萨、大士之像，栖住持，每日晨钟暮鼓，香烟缭绕，成为参禅拜佛之所。并取前述异人事，书“指林寺”匾悬于门楣。因而，碑刻称：“寺始于宋，成于元，而兴于今。”   

　　明清时期，指林寺内又增建了天王殿、地藏殿、藏经殿、准提阁、环翠亭等，“幡幢杂杏，鼓钟振扬，为一郡瞻依之所”，“有十方大禅刹之风”，而成为滇南的著名禅寺。   

　　此禅院尤以建于元贞年间、现在保存完好的正殿闻名于世。此殿为重檐歇山顶，飞檐翘脊，势甚壮观。32根大合抱的巨柱，由中间沿四周各呈双行平行排列，中部无柱，站在中间，给人以大跨度和空阔宽敞的感觉。外围木柱20根，各高5米，其上用楹梁和斗拱使下层屋檐向外挑出。内围木柱12根，各高10米，其上叠架覆斗式五架梁，梁材硕大，亦大合抱粗，梁架层层累叠，纵横交错，气势宏阔壮观。上层斗拱用材较大，排列疏朗，承重耐压，显示出宋式营造风格，这是由于元代承传宋代营造法式的原因。全殿全用木榫拼接，未使一钉，一铆。殿顶正脊中央有宝鼎，两侧有陶兽和鸥吻。四条垂脊亦饰有陶兽。从外部看，由于举架高峻，正脊与翼角起翘显著，并形成高屋建瓴之势，使人有巍峨、雄伟、庄严、古朴之感。经北京古建筑专家考察，证实确属距今700余年的元代古老木构架建筑，省内少有，全国亦属罕见，是研究我国古代建筑史和中原与边地文化、科技交流史的重要实物资料。现为省级重点文物保护单位。   

　　明代著名学者、状元杨升庵谪滇期间，曾应建水归里进士叶瑞之邀，寓居小桂湖畔，并“游颜洞，栖指林”，作有《指林寺》诗一首：　　

　　梵音妙音海潮音，前心后心皆此心。
　　试询禅伯元无语，白水青岑环指林。

　　战乱迭起  宣慰衰微：元代的建水，还发生了几场大的战事。
　　大德十一年(1307)，阿迷土官日签发动罗罗军反元，住今建水官厅的纳楼茶甸土官师禾希古等起而响应，后被官军讨平。   

　　到顺元年(1330)，云南蒙古诸王秃坚等反叛朝廷。秃坚自称云南王，攻陷中庆路，以伯忽为丞相。伯忽遣兵攻临安广西道宣抚司驻地建水城。石屏镇将朱宝率骁骑50余夜袭宣抚司，败伪官并夺印符以归。为防叛军攻击，朱宝与千户亨佑在异龙湖和龙岛筑垒堑据守。叛军以战船300艘发起进攻，气势汹汹。亨佑与部下歃血盟誓：“我等战亦死，降亦死，当以死报国。有言降者，斩!”军心大振。叛军战船至，众欲迎敌。亨佑说：“不急，等其蚁集而攻。”待敌船密集时，发炮击之，连碎数十船，毙敌300余人。后退守石屏城，叛军围困7旬，守军缺粮，富民王帑出粟米千余石，得以救急。待援军大至，收复宣抚司，石屏城乃得解围。为加强守备力量，次年，临安广西道宣抚司升为临安广西元江等处宣慰司兼管军万户府，增派兵员镇守，建水作为军事重镇的地位进一步加强。   

　　30多年后的至正二十三年(1363)，活跃于四川的农民起义军红巾军领袖明玉珍派部将万胜率兵袭云南，梁王兵溃，走威楚(今楚雄)。玉珍军乘胜兵临滇南，攻下临安等处宣慰司，以聂干户任建水元帅。后梁王得大理总管段功之助，击败红巾军，明玉珍退回四川，但仍留建水元帅聂千户守滇南。元军多次攻之不克，只得将临安广西元江等处宣慰司移驻曲陀关(今属通海县)。